По вашей ситуации: Расчетный счет предприятия два раза создан. Например в феврале создали один расчетный счет, подтянули к платежным поручениям. Затем удалили данный расчетный счет. Затем создали новый, второй. Выписка казначейства поэтому не видит данные платежные поручения, с ранее удаленным расчетным счетом. Попробуйте создать новый корректный, счет учета должен быть 1091. Затем переподтяните правильный расчетный счет у всех платежных поручений. Только потом формируйте выписку казначейства.

В документе выписка казначейства нажать на кнопку изменить, после снять с подписи. В документе внешние платежные документы, поменять данные (изменить финансовую позицию), повторно подготовить внешние платежные документы нажать на кнопку к зачислению) сохранить;

Раздел учета "Учет денежных средств"- Документы - Выписка казначейства - новый лист - тип: ППд - назначение: остатки по расчетному счету и т.д. Красным не должен гореть. На назначение платежа два раза щелкаем, формируем платежное поручение - Изменить - корр.счет: нулевой счет ставим (если его нет, то в счетах добавляем) - к зачислению - сохранить